Con Clary apenas tenía recuerdos de su infancia, no llegó a conocer a su padre y vivía con su madre en un apartamento en Brooklyn, tenía la sensación de que su vida era monótona, hasta que una tarde en el Pandemonium, la discoteca de moda de Nueva York, Clary sigue a un atractivo chico de pelo azul hasta que presencia su muerte a manos de tres jóvenes cubiertos de extraños tatuajes. Cuando intenta intervenir descubre un nuevo mundo de mitología con brujos, demonios y Cazadores de sombras; éstos nacidos de la unión de un ángel y un humano son los encargados de liberar a la tierra de demonios.
Una noche Clary recibe una extraña llamada de la madre pidiéndole que no vuelva a casa pero ella alarmada acude acompañada de Jace, un Cazador de sombras al que se siente atraída, aunque no quiera reconocerlo. A partir de ahí su vida cambia radicalmente, su madre ha desaparecido y ella ha sido atacada por un demonio, su única esperanza es acudir al Instituto, el centro donde los Cazadores de sombras viven y entrenan.
Allí Clary conoce a Hodge, el tutor del Instituto, que le explica que su madre fue una cazadora de sombras. También le dice que su padre fue el que envió el demonio, con el fin de obtener la Copa Mortal.
La Copa Mortal, es el único objeto capaz de crear cazadores de sombras utilizando humanos, y Clary se da cuenta de que ella es la única con la capacidad para recuperarla, y lo tiene que hacer a tiempo para salvar a su madre y decidir el destino del mundo.