Tras haber vencido a la amenaza monstruosa que casi destruyó el mundo peculiar, Jacob Portman está de vuelta donde comenzó su historia, en Florida. Excepto que ahora la señorita Peregrine, Emma y sus amigos peculiares están con él, tratando de pasar desapercibidos. Pero los días en la playa de pronto se ven interrumpidos por un descubrimiento: un búnker subterráneo que pertenecía al abuelo Abe.

Secretos ocultos durante mucho tiempo comienzan a emerger, y Jacob tendrá que aprender sobre el peligroso legado que formaba parte de él mucho antes de que descubriera el hogar de Miss Peregrine.